Уродженець Вінниці починав займатися футболом у ВОДЮСШ із рідного міста, звідки у 14 років поїхав до столиці України. 13 квітня 2019-го року дебютував у дорослому футболі у грі «Динамо» з «Маріуполем» (1:0). Згодом виступав в орендах у ковалівському «Колосі» та одеському «Чорноморці».
Основна позиція Євгенія — центральний нападник. За «Металіст» Євгеній Ісаєнко виступатиме під номером 27.
Забивали Ісаєнко, Попов та Циганков. «Колос» виграв спаринг у аматорського клубу