Денис є вихованцем ДЮФШ «Динамо» імені Валерія Лобановського. Пройшовши через юнацьку та молодіжну команди, перспективний центрбек опинився в першій команді «біло-синіх», за яку дебютував у квітні 2019-го.
Уже за місяць того ж року Попов разом із партнерами по молодіжній збірній України створив справжнє диво, ставши чемпіоном світу U-20.
Після цього успіху Денис уже став стабільним гравцем основного складу «Динамо», провівши за «біло-синіх» уже більше півтори сотні матчів у всіх турнірах та забивши при цьому 12 м’ячів.