Дружину Жуніора звати Прісцила. Вона, як і Мораєс, родом з бразильського міста Сантус.
«Вперше ми познайомилися просто на вулиці. У нас було багато спільних друзів, вони також жили у цьому кварталі. Я зустрілася з Мораєсом саме там.
Якось ми просто гуляли, і він сказав, що підготував для мене сюрприз. Я побачила великий човен з приготованим для обіду столом і квітами, а всередині келиха з шампанським знайшла обручку. Це був дивовижний сюрприз. Я погодилася вийти за нього, і через рік ми зіграли велике весілля», – розповіла Прісцила.
За цей час Жуніор і Прісцила уже двічі стали батьками. Першим в родині Мораєса народився син – Ісаак-Лука, а влітку 2017 року на світ з'явилася донька – Марія-Джулія.
Незважаючи на те, що Жуніор Мораєс разом зі своєю сім'єю живе в Україні з 2011 року, дружина футболіста зізнається, що їм дуже складно дається вивчення української мови:
«Я думаю, що найважчим завданням, з яким потрібно було впоратися, прийнявши цей виклик, була комунікація і спілкування. Для мене українська та російська мови – дуже складні, я до сих пір вчуся розуміти їх і застосовувати на практиці».