«Жемчужина» (Одеса), «Балкани» (Зоря, Одеська область), «Рух» (Винники), «Металург-Запоріжжя», «Поділля» (Хмельницький), «Нива-В» (Вінниця) отримали атестат на участь у Другій лізі серед професіональних команд сезону 2016/17. «Іллічівець-2» (Маріупіль) і «Інгулець-2» (Петрово) також після Конференції ПФЛ 24 червня можуть бути прийняті до числа клубів-учасників Другої ліги.
А ось «Суднобудівник» (Миколаїв), «Тепловик» (Івано-Франківськ) і ФК «Луцьк» рішенням Виконкому ФФУ від 15 червня було допущено до процедури атестації і мають певний час для подання документів до відповідного комітету національної федерації.